无论尺寸大小，每一台 OMNIPURE 船舶污水处理系统的处理功能均相同。船舶污水处理系统按需生成氧化剂的自动化过程已被证实简单而有效。运行过程是半连续性的，但污水的收集和累积含粪便污水和不含粪便污水的循环处理过程是连续的。
未经处理的污水在重力作用下进入到系统的 V-1 进水收集池中。来自水槽、淋浴器和相关生活废水系统的所有灰水也在重力作用下直接进入到 OMNIPURE 设备 V-1 进水集污池中。V-1 池包括梨形液位开关液位检测系统。当设备处于“自动”模式时，这些水位开关可用于启动 OMNIPURE 设备的开始和停止序列。当 V-1 池水位上升时，液位开关启动，处理设备开始运行。
一旦设备 V-1 池中的水位达到“启动”液位点，将利用经特别设计的浸渍器将污水磨细或浸软。从浸渍器排放出来后，一部分浸渍后的污水通过校准孔板返回 V-1 池。然后将剩下的浸渍后污水与一定数量的海水进行混合，目的在于确保盐度适中，以实现 OMNIPURE 书型池的*佳运行。海水通过滤网和流量控制器进入到书型池与浸渍器排放处之间的 OMNIPURE 设备内。该流量控制器根据 OMNIPURE 设备的特定处理能力将海水流量限制为预定值。使用校准孔板和海水流量控制器后将能确保流体以正确的速度流入书型池。
OMNIPURE 设备通过书型池内的电化学反应对未经处理的污水进行氧化和**。向书型池中经特别设计的阳极和阴极板（电极）施加直流电压后将产生电化学反应。从浸渍器中排出的污水和海水泥浆将在带电电极之间流动。海水充当阳极和阴极板之间的直流电流的电解液。海水的氯盐电解后形成次氯酸钠。电化学反应和生成的产物次氯酸钠可以杀死有害的大肠杆菌，并氧化污水流中的有机化合物。通过书型池一次便能杀死将近 100% 的寄居菌并氧化正常污水中 90 至 95% 的有机化合物。
书型池运行所需的电力由 OMNIPURE 船舶污水处理系统的内部直流电源提供。内置 PCB 通过固定电流来控制书型池。流入书型池的直流电量决定了次氯酸钠的生成量。这在出厂时已设置好。
当污水和海水的泥浆在书型池中电解后，液流流入 OMNIPURE 设备的 V-2 滞留池。液流通过垂直的“下水管”进入 V-2 池的顶部。该管位于 V-2 池的内部。下水管出口位于 V-2 池的底部附近。下水管降低了工艺进水的流度，并有助于除气。电解过程中将产生少量的氢气和其它气体，属于副产物。下水管与强制通风系统配合使用，可抽取工艺过程中产生的气体并将其排放到空气中。
V-2 池的大小足以提供至少 30 分钟的停留时间，从处理后的污水（出水）在 V-2 池底部进入到随后从 V-2 池顶部排放到海洋。
这 30 分钟的停留时间确保剩下的所有**都将暴露于生成的次氯酸盐中并被杀死，同时可使任何部分氧化的颗粒发生沉淀。在二次处理的回洗和排污维护步骤中，这些颗粒（主要为纤维素）通过排污管线再循环进入 V-1 池。
在 V-2 池停留后，出水从 V-2 池顶部溢出，并通过重力作用流入海洋。如果该排放点低于船舶吃水线，则 V-2 池排放物进入离心舷外排放泵，然后排放到海中。
船舶污水处理系统电解过程通常会产生极少量的氢气和二氧化碳。这些副产品通过空气抽出器**、高效地排放入大气。如有需要，可提供电动鼓风机来有效稀释副产品。
